Theo kết quả khảo sát mới đây của Ban Quản lý dự án sông Hương (tỉnh Thừa Thiên-Huế), dòng sông đang đứng trước sự thay đổi lớn về môi trường tự nhiên. Các nhóm sống trôi nổi trên mặt nước (bèo) và sống chìm (rong) đã phát triển mạnh, làm suy giảm đáng kể đa dạng sinh học trong các hệ sinh thái ở đây. Nhất là sau khi đập ngăn mặn Thảo Long (phía hạ nguồn con sông) đi vào hoạt động thì quá trình trao đổi nước giữa sông và biển bị hạn chế làm giảm đáng kể các loại động, thực vật thủy sinh.
Một thực tế khác nữa là, từ xưa đến nay, người ta đã chọn sông Hương làm hướng chính để thoát nước và các chất thải, nhất là khu vực nội thành; sau này, các cống thoát nước của thành phố cũng đổ trực tiếp ra sông. Trên sông Hương, hiện có hàng ngàn hộ dân vạn đò sinh sống, do đó, dòng sông phải gánh chịu tất cả các chất thải hàng ngày, khiến người dân và chính quyền lo lắng, bức xúc.
Thành phố Huế đã bắt đầu có những tính toán xử lý môi trường nước thải. Thành phố Huế đang triển khai thí điểm tại Phú Bình chương trình vệ sinh môi trường, đặt sọt rác cho các hộ sống trên thuyền, hàng ngày rác được vứt vào sọt, không thả bừa xuống sông, vài ba ngày có người đi thu gom tập trung xử lý.
Tuy nhiên, hiện nay, sông Hương lại có thêm những nỗi lo mới là nạn sa tặc hoành hành, làm cho tình trạng sạt lở bờ sông trở nên cấp thiết hơn. Tình trạng khai thác cát hết sức rầm rộ đoạn từ quá phường Đúc, qua xã Thủy Bằng, Kim Long, Tuần. Ngoài việc gây nên tình trạng sạt lở bờ sông, còn làm đục nước sông Hương cả trong những ngày hè. Chỉ tính trên đoạn sông 1 km qua xã Thủy Bằng có tới 4 bãi tập kết cát sạn hoạt động như một công trường với các tàu hút tại khu vực bến Than và thôn Châu Ê, trong đó có 3 bãi nằm trong vùng quy hoạch bảo vệ di tích của điện Huệ Nam (điện Hòn Chén). Các bãi cát sạn cao hàng chục mét, choán hết các bến thuyền du lịch đưa khách du lịch sang sông thăm ngôi điện này. Bãi cát sạn dưới chân cầu Châu Ê đã làm đỏ một tấm bia cao gần 2m gần bờ sông Hương có từ thời Thiệu Trị.
Việc khai thác cát sạn “vô tội vạ“ ở đây đã gặm nhấm dần dòng sông, gây nên tình trạng sạt lở. Bờ sông Hương, đoạn từ Hương Thọ đến Thủy Bằng nhiều nơi bị sạt lở trên tổng chiều dài 1 km. Hàng ngàn gốc tre dân trồng chống sạt lở ở đây đã bị chìm hẳn xuống dòng sông, cùng hàng nghìn m3 đất đá. Nơi lở ít, ăn sâu vào bờ khoảng 5-7m, nơi nhiều đến 30m. Đoạn đường liên thôn trước cổng trường phổ thông cơ sở Hương Thọ, thôn Đình Môn được làm bằng bê tông, nhưng nước đã xói sâu vào tận móng, ta luy âm bị sạt, nước cuốn trôi lúc nào không biết…
Tỉnh Thừa Thiên-Huế đã thực hiện nhiều dự án chỉnh trang bờ sông Hương, đoạn chảy qua thành phố Huế, các dự án đã tập trung giải tỏa các hộ sống ven sông, trả lại vẻ thoáng đãng cho dòng sông. Theo hướng này, thành phố Huế đã tập trung giải tỏa 187 hộ dân sống ven bờ sông Hương đoạn từ Kim Long đến Thiên Mụ. Dự án giải tỏa dân dọc bờ sông đoạn từ Gia Hội đến cầu chợ Dinh cũng đang được tiến hành, với chiều dài 2,1 km. Đoạn này làm mới hoàn toàn đường chạy dọc bờ sông, với cao trình +2m, tổng vốn đầu tư là 54 tỉ đồng.
Công trình chia làm 2 giai đoạn. Giai đoạn 1 trong năm 2007 – 2008, thành phố Huế đang tập trung thi công đoạn cầu Gia Hội đến Nguyễn Bỉnh Khiêm, với số vốn đầu tư là 28,5 tỉ đồng. Đoạn bờ sông phía Nam trước Công viên 3/2 từ cầu Tràng Tiền đến Khách sạn Century cũng được đầu tư gần 7 tỉ đồng để kè bờ, làm bến thuyền du lịch đón khách đi ca Huế trên sông. Nhiều đoạn bờ sông từ cầu Bạch Hổ đến cầu Tràng Tiền, xuôi về cồn Hến đã được chỉnh sửa, trồng cây, tạo các thảm cỏ, tăng thêm vẻ đẹp, sự hấp dẫn cho cảnh quan đôi bờ sông Hương.
Đặc biệt, thành phố Huế đang tiến đến sự hình thành một Vườn tượng Quốc tế có uy tín và có giá trị nghệ thuật bên dòng sông Hương, trở thành nét đặc trưng của văn hóa Huế. Sau 4 lần tổ chức Trại sáng tác điêu khắc về chủ đề này, đã để lại bên bờ sông Hương một vườn tượng rất phong phú, với trên 116 tác phẩm điêu khắc, thể hiện tình đoàn kết của bạn bè quốc tế đối với Việt Nam, làm giàu thêm giá trị văn hóa Huế. Gần đây, Ủy ban Giáo dục Khoa học và Văn hoá của Liên hiệp Quốc (UNESCO) còn khuyến nghị lập hồ sơ để xem xét, bổ sung sông Hương vào danh mục di sản Thế giới. Chính vì lẽ đó, ngay từ bây giờ, tỉnh Thừa Thiên-Huế cần có biện pháp tôn tạo cảnh quan đôi bờ, và hệ sinh thái bền vững ở đây để phát huy tốt giá trị và vẻ đẹp vốn có của dòng sông, làm tăng thêm giá trị của hệ thống di tích Cố đô Huế.
