Theo kết quả nghiên cứu của Viện Hải dương học Nha Trang, một số loài cá có giá trị kinh tế cao ở vịnh Nha Trang có nguy cơ biến mất. Nguyên nhân dẫn đến tình trạng trên là do sự khai thác quá mức của các ngư dân.
Theo Viện Hải dương học Nha Trang, hiện nay trữ lượng tức thời của cá rạn san hô trong toàn vịnh Nha Trang ước tính trên 133 tấn, trong đó nhóm cá cảnh chiếm trên 69 tấn, nhóm cá thực phẩm khoảng 60 tấn, v.v…Một số loài cá có giá trị kinh tế cao, đã trở thành đối tượng bị ngư dân khai thác quá mức, khiến chúng có nguy cơ biến mất tại đây.
Theo đó, trên các mặt cắt ở các vị trí giám sát để nghiên cứu của Viện Hải dương học Nha Trang, các loại cá mú (serranidae), cá hồng (Lutjanidae) duy trì ở mức cực hiếm, cá hè (lethrinidae) không còn tìm thấy.
Trong nhóm cá cảnh, nhiều loài cá có màu sắc và hình dáng đẹp như: cá bướm, cá chim xanh, cá mao tiên, v.v…, bị khai thác nhiều. Ngoại trừ tại khu vực vùng lõi khu bảo tồn biển Hòn Mun, việc khai thác quá mức đã dẫn đến nhóm cá có kích thước nhỏ (chiều dài cơ thể dưới 10 cm) chiếm ưu thế về số lượng trên hầu hết các rạn và nhóm có kích thước lớn hơn duy trì ở mức cực thấp.
Bên cạnh đó, các loài ốc đụn, hải sâm và tôm hùm tồn tại ở mức hiếm tại các điểm khảo sát; trai tai tượng (Tridacna spp) và tôm bác sĩ (Stenopus hispidus) chỉ còn số lượng ít ỏi; ốc tù và (Charonia tritonis) vốn được sử dụng làm hàng lưu niệm, đã không còn tìm thấy tại tất cả các điểm rạn nghiên cứu và giám sát trong suốt 10 năm qua.
Ngoài ra, mật độ cầu gai đen cũng bị suy giảm nghiêm trọng trên các rạn, do người dân khai thác làm thức ăn cho tôm hùm nuôi lồng. Điều này làm gia tăng sự phát triển của loài rong lớn – vốn là nguyên nhân dẫn đến suy thoái các rạn san hô.
